La Generalitat de Catalunya va crear l’any 2004 el Premi Ramon Margalef d’Ecologia, honorant així la memòria del savi català i universal. El premi Ramon Margalef d’Ecologia té per objecte el reconeixement d’una trajectòria científica o un descobriment en el camp de les ciències ecològiques que hagi contribuït al progrés significatiu del coneixement o el pensament científic, o al desenvolupament d’instruments teòrics per a la bona gestió dels recursos naturals, del territori o del mar.
El guardó del premi és una escultura que interpreta una microalga anomenada Picarola margalefii.